二、清潔區和污染區分開

在食品微生物實驗室設計中，應將實驗室的清潔區和污染區有效分開，可降低污染發生的風險，避免交叉污染。比如辦公室和進行微生物檢測的房間要分開；從事樣品接收和鑒定的兩個房間要有效隔離；配制培養基和廢棄物處理也要有效隔離。需要注意的一個概念是，污染區并不是“污染高"的區域，而是指“污染風險"或“污染可能性"高的區域。在這個區域里進行污染可能性高的操作，嚴格按照生物安全要求操作，污染區應該不受污染。

一般來說，實驗區域是污染區域，普通區域是清潔區域。實驗區域包括進行下述工作的房間：接收和儲存樣品，樣品制備，樣品稀釋，培養，分離可疑微生物，儲存標準菌株，培養基的制備和滅菌，儲存培養基和試劑，人員的無菌檢查，消毒，洗刷；普通區域包括：入口，走廊，樓梯，電梯，管理區域（辦公室、文件室等）,更衣室，檔案室，衛生間。在關鍵的實驗區域可以設一間緩沖間連接實驗區域和其相鄰的房間。緩沖間兩側可設置透明窗，便于兩側直接觀察。如果實驗室是帶機械式通風系統的潔凈室，緩沖間可設置電動或機械連鎖裝置使出、入門無法同時開啟。